Laman Kementrian Luar Negeri Indonesia mengungkapkan bahwa "Insiden 13 Agustus" dan kelanjutan negosiasi perbatasan termasuk dalam agenda perundingan antara Menteri Luar Negeri (Menlu) Marty Natalegawa dan Menlu Malaysia, Anifah Aman.

Maka, masing-masing delegasi bersepakat untuk memperbaiki prosedur operasi standar (SOP) dan aturan pelibatan (ROE) agar insiden serupa tidak terulang sekaligus menghormati hubungan baik kedua negara. Kedua delegasi sepakat untuk melanjutkan perundingan perbatasan.

Kedua delegasi juga membicarakan masalah hukum yang melanda para WNI di Malaysia, terutama mereka yang dijatuhi vonis hukuman mati. Terlampir sejumlah kesepakatan pokok dalam pertemuan Komisi Bersama untuk Kerjasama Bilateral (JCBC) di Kinabalu:

- Menlu RI menyampaikan kembali keprihatinan mendalam Pemerintah Indonesia atas penahanan dan informasi mengenai perlakukan tidak layak kepada ketiga petugas KKP terkait dengan insiden 13 Agustus 2010. Sementara Menlu Malaysia menanggapi bahwa Pemerintah Malaysia memutuskan untuk tidak akan memberlakukan prosedur penahanan kepada petugas Indonesia.

- Kedua Menlu juga sepakat untuk menetapkan suatu SOP dan ROE bagi para petugas terkait di lapangan untuk mencegah terulangnya kembali insiden serupa di masa mendatang. Dalam kaitan ini, kedua negara telah menyepakati agar unsur sipil kedua negara yaitu Badan Koordinasi Keamanan Laut (BAKORKAMLA) dari sisi Indonesia dan Agensi Penguatkuasa Maritim Malaysia (APMM) dimasukkan dalam struktur General Border Committee yang sudah ada.

- Kedua negara juga sepakat bahwa cara yang paling efektif untuk menghindari kembali terjadinya insiden serupa adalah dengan intensifikasi perundingan delimitasi perbatasan laut yang menjadi akar permasalahan antara kedua negara, dimana kedua Menlu akan membahasnya di sela-sela Sidang Majelis Umum PBB pada minggu ketiga bulan September 2010.

- Menjadwalkan perundingan perbatasan tingkat teknis ke-16 dan 17 yang masing-masing akan dilaksanakan pada 11-12 Oktober 2010 di Malaysia serta tanggal 23-24 Nopember 2010 di Indonesia.

- Untuk meningkatkan kapasitas perlindungan warga kedua negara, kedua Menlu sepakat mendorong Kelompok Kerja terkait untuk mencapai kemajuan yang substantif terhadap Letter of Intent mengenai MOU on the Recruitment and Placement of Indonesian Domestic Workers 2006.

- Indonesia telah mengajukan usulan Consular Notification and Assistance Arrangements mengenai langkah-langkah yang perlu diambil oleh kedua pihak dalam menangani keadaan dimana warga negaranya menghadapi permasalahan hukum. Pengaturan termaksud akan memperkuat mekanisme Joint Committee yang selama ini sudah ada di antara KBRI dan instansi terkait di Malaysia.

- Menyangkut 3 WNI yang sudah dijatuhi vonis hukuman mati dan saat ini menunggu permohonan pengampunan, telah diajukan keringanan hukum bagi WNI tersebut atas dasar pertimbangan kemanusiaan dan hubungan baik kedua negara.

- Menekankan pentingnya pendirian dan pembentukan Pusat Kegiatan Belajar Masyarakat (PKBM) bagi anak-anak WNI usia wajib sekolah di wilayah Malaysia (Sabah). Pendirian pusat belajar tersebut sangat penting untuk memfasilitasi banyaknya anak usia sekolah WNI dapat mengenyam pendidikan yang baik. Pihak Malaysia akan melanjutkan kerjasamanya mengenai hal dimaksud.

- Pertemuan JCBC berikut direncanakan pada Desember 2010